Java Scriping (JSR-233)
Die neue Java Scripting API (JSR-233) ist sehr einfach einsetzbar.
Anbei ein kleines Beispiel wie man PHP Skripte aus einem Javaprogramm über die API aufruft:

Benötigt wird eine Scriptsprache, welche die Scripting API implementiert. Quercus ist eine gute Implementation der PHP 5 API in Java. Am einfachsten extrahiert man die Dateien quercus.jar, resin-util.jar und script-10.jar aus der WAR-Datei und fügt sie dem Java Classpath hinzu.

Anschließend kann man über die folgenden Paar Zeilen ein Skript ausführen:
ScriptEngineManager sem = new ScriptEngineManager();
ScriptEngine engine = sem.getEngineByName("php");
engine.eval(new FileReader("script.php"));





Möchte man Parameter an das Skript übergeben sind folgende Zeilen notwendig:
ScriptEngineManager sem = new ScriptEngineManager();
ScriptEngine engine = sem.getEngineByName("php");
Bindings bindings = engine.getBindings(ScriptContext.ENGINE_SCOPE);
bindings.put("variable", "wert");
engine.eval(new FileReader("script.php"), bindings);